SnpEff: Variant analysis

Contents
Summary
Variant rate by chromosome
Variants by type
Number of variants by impact
Number of variants by functional class
Number of variants by annotation
Quality histogram
InDel length histogram
Base variant table
Transition vs transversions (ts/tv)
Allele frequency
Allele Count
Codon change table
Amino acid change table
Chromosome variants plots
Details by gene
Summary

Genome REL606
Date 2026-10-01 20:30
SnpEff version 
SnpEff 5.4c (build 2026-02-23 07:25), by Pablo Cingolani
Command line arguments 
SnpEff  -stats out/tables/snpEff_summary.html 
REL606 work/filtered.vcf.gz
Warnings 785
Errors 0
Number of lines (input file) 789
Number of variants (before filter) 789
Number of non-variants
(i.e. reference equals alternative) 		0
Number of variants processed
(i.e. after filter and non-variants) 		789
Number of known variants
(i.e. non-empty ID) 		0 ( 0% )
Number of multi-allelic VCF entries
(i.e. more than two alleles) 		0
Number of annotations 8,508
Genome total length 4,629,812
Genome effective length 4,629,812
Variant rate 1 variant every 5,867 bases

Variants rate details

Chromosome Length Variants Variants rate
NC_012967.1 4,629,812 789 5,867
Total 4,629,812 789 5,867

Number variants by type

Type Total
SNP 683
MNP 0
INS 65
DEL 41
MIXED 0
INV 0
DUP 0
CNV 0
BND 0
INTERVAL 0
Total 789

Number of effects by impact

Type (alphabetical order)   Count Percent
HIGH   76 0.893%
LOW   208 2.445%
MODERATE   363 4.267%
MODIFIER   7,861 92.395%

Number of effects by functional class

Type (alphabetical order)   Count Percent
MISSENSE   362 62.522%
NONSENSE   9 1.554%
SILENT   208 35.924%

Missense / Silent ratio: 1.7404

Number of annotaitons and region counts

Annotation Region
Type (alphabetical order)   Count Percent
conservative_inframe_deletion   2 0.024%
conservative_inframe_insertion   1 0.012%
disruptive_inframe_deletion   1 0.012%
disruptive_inframe_insertion   1 0.012%
downstream_gene_variant   3,876 45.552%
frameshift_variant   63 0.74%
intergenic_region   119 1.399%
missense_variant   358 4.207%
non_coding_transcript_exon_variant   24 0.282%
splice_region_variant   1 0.012%
start_lost   1 0.012%
stop_gained   9 0.106%
stop_lost   3 0.035%
synonymous_variant   208 2.444%
upstream_gene_variant   3,842 45.152%

Type (alphabetical order)   Count Percent
DOWNSTREAM   3,876 45.557%
EXON   671 7.887%
INTERGENIC   119 1.399%
UPSTREAM   3,842 45.157%

Quality: 

	

		
 Min36 

		
 Max228 

		
 Mean222.236 

		
 Median225 

		
 Standard deviation19.794 

		
 Values36,54,56,66,72,88,98,99,101,104,124,125,126,133,136,142,150,155,164,167,177,184,192,198,206,225,227,228 

		
 Count1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,2,1,1,1,1,1,1,1,2,1,1,1,1,1,612,1,149
Insertions and deletions length: 

	

		
 Min0 

		
 Max2 

		
 Mean0.491 

		
 Median0 

		
 Standard deviation0.556 

		
 Values0,1,2 

		
 Count57,46,3
Base changes (SNPs)

  A C G T
A 0 8 140 4
C 11 0 6 179
G 190 6 0 13
T 5 117 4 0

Ts/Tv (transitions / transversions)

Note: Only SNPs are used for this statistic.
Note: This Ts/Tv ratio is a 'raw' ratio (ratio of observed events).

Transitions 626
Transversions 57
Ts/Tv ratio 10.9825

All variants: 

Sample ,SRR2584866,Total
Transitions ,626,626
Transversions ,57,57
Ts/Tv ,10.982,10.982

Only known variants (i.e. the ones having a non-empty ID field): 

No results available (empty input?)
Allele frequency


Min50
Max50
Mean50
Median50
Standard deviation0
Values50
Count789

Allele Count


Min1
Max1
Mean1
Median1
Standard deviation0
Values1
Count789

Hom/Het per sample 




Sample_names , SRR2584866
Reference , 0
Het , 789
Hom , 0
Missing , 0

Codon changes

How to read this table:
- Rows are reference codons and columns are changed codons. E.g. Row 'AAA' column 'TAA' indicates how many 'AAA' codons have been replaced by 'TAA' codons.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  - AAA AAC AAG AAT ACA ACC ACG ACT AGA AGC AGG AGT ATA ATC ATG ATT CAA CAC CAG CAT CCA CCC CCG CCT CGA CGC CGG CGT CTA CTC CTG CTT GAA GAC GAG GAT GCA GCC GCG GCT GGA GGC GGG GGT GTA GTC GTG GTT TAA TAC TAG TAT TCA TCC TCG TCT TGA TGC TGG TGT TTA TTC TTG TTT
-                                                               1                       1                                          
AAA 6     3           1               2                               2                                                              
AAC 1       2   1       7                                               1                                                            
AAG                       3                                               1                                                          
AAT 1 1 1   1               1                                                                                                        
ACA                           1                                               1                                                      
ACC 1   1         1 5           6                                               11                                                    
ACG       1   5   1               5                                     1         13                                                  
ACT           1 2                                                                   5                                                
AGA                       1               3                                                                                          
AGC     1             1 1   9                                                           4                                            
AGG                                                                                                                                  
AGT                     5                                                                   2                                        
ATA                               1                                                                                                  
ATC 1   1       3                   7                                                                                                
ATG               3           3 1 2                                                               3                                  
ATT                 2           2 1                                                                                                  
CAA                                       4           2       1                                       2                              
CAC 1                                                   5                                               2                            
CAG 1                                 2   2               5                                               2                          
CAT                                     3                   2                                               2                        
CCA                                             1 2 1         1                                               3                      
CCC                                                 1           1                                               1                    
CCG                                       2   6 2 1               11             1                                 2                  
CCT                                             3                                                                   1                
CGA                                                                               1                                                  
CGC                                     8                   4   1                                                       2            
CGG                                       1           2   1                                                               2          
CGT                         1               6           6                                                         1         12        
CTA                                   1       1                   1                                                                  
CTC                                             1       1           3                                                                
CTG                               1       1     1 9           16   1                               1                               4  
CTT                                                 2                                                                                
GAA 3 5                               1                                   9           2                                              
GAC                                                                       1 3           8                                            
GAG 1     1                                                           1   1       1       1                                          
GAT 2       5                                                         1                     4                                        
GCA           3                                                                   4       1   6                                      
GCC             10                                       1                     1 1   8   2       11               1                    
GCG 2             1                                                       1   14   2     2         12               2                  
GCT 1               5                                                           3   1   1           3                                
GGA 1                                                                 1                   2                                          
GGC 1                   6                                               7       1     1   3 16   2                                    
GGG                       1                                               3           2                                              
GGT                         3                                               4           8 2                                          
GTA                                                                           2               1   3                                  
GTC                             4                               1               4         1         7                                
GTG 1                             5                                               13       1   6   2 1                                
GTT                                                                                 2                                                
TAA                                                                                                                                  
TAC                                                                                                         1   1       3            
TAG                                                                                                                       1          
TAT                                         6                                                           2   1       1       2        
TCA                                           2                                                                               1      
TCC                                             1                                                                   2           1    
TCG                                                                               1                           1     1             3  
TCT                                                 3                                                                                
TGA                                                                                                                     2            
TGC                                                     1                                               1             1              
TGG                                                       2                                               3           1   3 1        
TGT                                                                                                                     2            
TTA                                                                                                                         1     2  
TTC                                                             1                                               1               1   2
TTG 1                                                             1                                                           1   1  
TTT                                                                                                                                  

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
*         2                                 1  
-     43           1       1                    
?                                              
A   3   34     1   6                 1 3 19 32    
C 1       2                         1         1
D   2       3 2   12           5                
E   4   1     11   3     6         1            
F               3         1           1        
G   2   1   11 4   34                 1 9   2    
H   1               3               7         4
I   1                 9     2 1         5      
K   6         3         3         2 4          
L   1     1               30 1   14 2 1     1    
M                     4     2           3 3    
N   2       1           1     4       8 1      
P       1                 13     17 2   7        
Q 4 1                     1       8 7          
R       1 14         14     1       4 14 2     2  
S       1       1 6       4   1 6   1 19        
T   1   30   1         7 1   5 1         15      
V   1   21         2   4   1 5             20    
W 4       1                         2       3  
Y         5         6                 2       4

Variants by chromosome

		

		NC_012967.1, Position,0,100000,200000,300000,400000,500000,600000,700000,800000,900000,1000000,1100000,1200000,1300000,1400000,1500000,1600000,1700000,1800000,1900000,2000000,2100000,2200000,2300000,2400000,2500000,2600000,2700000,2800000,2900000,3000000,3100000,3200000,3300000,3400000,3500000,3600000,3700000,3800000,3900000,4000000,4100000,4200000,4300000,4400000,4500000,4600000
NC_012967.1,Count,20,17,14,15,20,4,21,24,21,21,22,31,9,16,13,19,17,23,17,16,12,14,21,16,24,19,21,26,10,11,22,21,21,17,24,20,11,6,29,12,5,10,14,12,16,4,11
Details by gene

Here you can find a tab-separated table.