寻找可靠的生物标志物 (Biomarkers) 是缩短新药筛选窗口 and 提升临床试验成功率的关键。HST GENOMICS 整合基因组重测序、表观遗传状态及质谱高灵敏蛋白质组技术，帮助药企在复杂临床队列中捕捉特异的反应相关基因。
1. 全谱候选筛查：基于无偏的 DIA 质谱蛋白质组或 WGS 芯片，系统建立不同药效响应组的分子背景特征。
2. 特征算法识别：引入机器学习多重共表达网络，过滤基因背景冗余，精准锁定高特异性候选标志物。
3. 靶向试剂开发：针对选定的 Marker，进行 KASP 引物或靶向芯片的快速转产定制。
生物标志物筛选交付基于多维组学算法的标志物热图、PCA模型、差异丰度以及ROC预测曲线。
| 分析阶段 | 交付数据与图表 | 核心价值 |
|---|---|---|
| 早期无偏筛查 | 差异蛋白/突变位点热图、主成分分析 (PCA) 散点图 | 鉴定对照组与给药响应组的显著分子分异 |
| 机器学习降维筛选 | LASSO 特征回归曲线、随机森林重要性排序图 | 从成千上万个候选分子中提炼最小标志物特征面板 |
| 标志物效能评估 | ROC 预测效能曲线 (AUC值计算) | 评估标志物对药物疗效/毒副作用预测的准确度 |
生物标志物筛选需要高质量高纯度的样本作为算法分析输入，推荐送样标准如下：
| 样品类型 | 最少样品量 | 质控标准 | 运输/保存建议 |
|---|---|---|---|
| 临床新鲜冻存组织 | > 50 mg | 坏死率 < 10%, 肿瘤细胞纯度 > 50% | 液氮速冻，-80℃保存，干冰运输 |
| EDTA抗凝全血 | 5 - 10 mL | 使用专用 cfDNA / RNA 防腐管提取 | 室温或4℃冷链运输，避免冰冻 |
| 血浆 / 血清 | > 1 mL | 严禁溶血，高速离心去除细胞碎片 | 冻存于无菌离心管中，干冰运输 |
临床二期、三期开发的数据合规性直接决定了新药申报 (NDA) 的获批可能性。HST GENOMICS 在深圳医学中心设立了完全符合 CAP (美国病理学家协会) 以及 CLIA (临床实验室改进修正案) 认证的医学参考实验室，确保试验全程遵循最高级别的质量监管体系。
1. 入组分筛 (Stratification)：通过快速 PCR 或测序识别患者基因型，辅助开展靶向标志物的精准入组筛选。
2. 毒副与安全性监测 (PGx)：监测多型细胞色素 P450 酶（如 CYP2D6, CYP2C19）多态性以防药物蓄积中毒。
3. 微小残留监测 (MRD) 与疗效跟踪：对于肿瘤药物，提供超灵敏 ctDNA 深读测序来评估分子级药效。
提供符合 CAP/CLIA 双认证标准、且被 FDA / NMPA 临床互认的检测报告与药效指标评估数据。
| 认证与测试规范 | 符合性说明与服务指标 |
|---|---|
| CAP Accredited | 完全通过 CAP 认可的分子病理学、NGS 能力测试 (PT) |
| CLIA Certified | 高标准临床测序，原始检测报告获 FDA 及国际多药监系统互认 |
| 药物基因组学 (PGx) | 基于 PharmGKB 标准，覆盖 30+ 种药物代谢核心基因 |
| 超灵敏 ctDNA 检测 | LOB/LOD 验证极限达 0.01%，配备分子标签 (UMI) 双重背景去噪 |
为了保证时效性与合规性，临床试验送检样本请参考以下标准：
| 检验项目 | 样本规格 | 采样管规格 | 运输与周转时效 (TAT) |
|---|---|---|---|
| 入组基因分型 (血液) | 5 mL 外周血 | Streck / Streck-like cfDNA 防腐管 | 4℃运送，48小时内送达，3-5个工作日交付 |
| MRD 动态监测 (血液) | 10 mL 外周血 | 专用 ctDNA 保存管 (防破裂、防裂解) | 室温运送，4个工作日内交付 |
| 组织分子病理 (FFPE) | 8 - 10 张石蜡切片 | 载玻片防损盒，避光包装 | 常温或温冷袋运送，7个工作日内交付 |
伴随诊断（CDx）是肿瘤精准新药成功商业化的双轨支柱。HST GENOMICS 作为具备芯片与液体处理硬件开发能力的上游企业，可为药企提供从生物标记物到注册准入级体外诊断 (IVD) 试剂盒开发的全流程 CDMO 服务。
1. 共同验证：在新药一/二期阶段同步切入伴随诊断分子探针设计与工艺验证。
2. 试剂转化与生产：在符合 GMP 标准的十万级无尘车间中进行定制化多重 PCR 或杂交捕获测序试剂盒的中试与批量生产。
3. 联合申报：协助药企整理设计历史文档 (DHF) 以支持同步伴随诊断的国家药监（FDA/NMPA）审批申请。
提供完全符合 GMP 规范的 CDMO 定制化试剂盒设计、中试和量产交付包。
| 开发与生产品类 | 主要技术路线 | 符合的质量规范体系 |
|---|---|---|
| 伴随诊断 (CDx) 试剂盒 | 多重实时荧光定量 PCR / NGS 杂交捕获富集 | GMP 10万级净化车间、ISO 13485 质量管理体系认证 |
| 液体活检检测试剂 | 磁珠法核酸提取、微量均相扩增体系 | 高精度自动化液体分装、原液冻干工艺 |
| 申报合规文件 (DHF) | 检测精密度、灵敏度、特异度与稳定性数据文档 | 协助药企同步申报 FDA (PMA) 或 NMPA (三类医疗器械) |
由于 CDMO 与伴随诊断开发涉及高度定制化商业合规服务，不接收普通科研样品，合作及材料对接流程如下：
1. 首期技术交流：请提供新药的作用机制、靶点序列以及预期的分析性能极限要求（LOD）。
2. 验证对照品提供：验证试剂盒性能时，需双方联合提供含有目标突变质粒、细胞系或临床病理样本（需脱敏，且有金标准 Sanger 测序或 qPCR 验证结果）。
3. 运输规范：标准对照细胞系或冻存 DNA/RNA 需用干冰密封运输，并在 4℃ 或 -20℃ 环境下严格交接。