mRNA 测序能够对细胞、组织或器官在特定生理条件下的编码转录本进行全景定量。它是差异表达基因鉴定、新转录本发现、剪切体异构体分析及融合基因筛查的行业标准手段。
1. Poly-A 选择建库：针对高质量真核生物总 RNA，特异性富集带 poly-A 尾的编码转录体，获得极高测序深度比例。
2. 核糖体脱除 (Ribo-Depletion)：针对降解严重的 FFPE 组织或需保留 lncRNA 等非多聚腺苷酸化转录本的特殊建库。
3. 方向特异性建库 (Strand-Specific)：保留转录方向信息，避免重叠基因互补链表达的错误干扰，用于高精度反义 RNA 鉴定。
差异表达转录组分析交付标准的表达归一化表（FPKM/TPM）、差异分析火山图以及功能通路富集结果。
| 分析类型 | 交付模型/图表 | 主要技术用途 |
|---|---|---|
| 表达量归一化 | FPKM, TPM 定量表达谱 | 评估样本间基因转录活性丰度分布 |
| 差异表达筛查 | Volcano Plot (火山图), Heatmap (聚类热图) | 快速锁定不同实验组的显著差异基因 |
| 功能通路挖掘 | GO (Gene Ontology) 饼图 / KEGG 信号通路散点图 | 识别差异基因影响的宏观代谢与防御网络 |
| 基本下机参数 | 日产出数据量 > 6 Gb/样本，Q30 > 85% | 确保数据深度足够支撑低丰度基因的突变检出 |
RNA 容易降解，送样时请确保符合以下提取与纯度参数：
| 样品子类型 | 总量要求 | 浓度要求 | RIN 值 / 质量分数 | 运输形式 |
|---|---|---|---|---|
| 真核生物总 RNA (植物/动物提取) | ≥ 1.0 µg | ≥ 20 ng/µL | RIN ≥ 7.0 (无蛋白/残留有机溶剂污染) | 超低温干冰密封运输 (附质检凝胶图) |
| 新鲜动植物组织 | ≥ 100 mg | - | - | 液氮速冻，或置于 RNAstable 保存液，干冰转运 |
| 细胞悬液 (沉淀) | ≥ 1 x 10^6 细胞 | - | - | PBS 离心沉淀后去上清，液氮速冻运输 |
长链非编码 RNA (lncRNA) 是长度大于 200bp 且无编码蛋白潜能的转录本。它在基因表观修饰、转录干扰及转录后翻译调控中扮演着至关重要的“暗物质”角色。我们利用高性能测序硬件与自研的 lncRNA 注释算法协助研究团队揭密非编码区的复杂调控网络。
HST GENOMICS 结合先进的计算平台预测 lncRNA 靶基因：
1. Cis 顺式作用预测：基于基因组空间临近性，预测其对近端邻近基因（如 100kb 范围内）的转录干扰。
2. Trans 反式作用预测：基于大规模表达谱的共表达网络（Co-expression Network），计算 lncRNA 与远端或跨染色体基因的调控关系。
3. CeRNA 网络联动：可选配联合小 RNA（miRNA）测序，构建竞争性内源 RNA 互作网（lncRNA-miRNA-mRNA）。
提供多重生信软件鉴定新 lncRNA 并给出三维相互作用网络的可视化表达网络。
| 建库流线 | 新 lncRNA 预测工具 | 共表达网络评估 |
|---|---|---|
| Ribo-Zero 链特异性建库 | CNCI, CPC2, Pfam 三重联滤模型 | Cytoscape 拓扑网络可视化交付 (Cis/Trans) |
非编码 RNA 丰度相对较低，因此对起始样本量要求更高：
| 样品类别 | 总量需求 | 浓度与纯度要求 | RIN 质量评分 |
|---|---|---|---|
| 细胞/组织提取总 RNA | ≥ 2.0 µg | 浓度 ≥ 50 ng/µL, OD 260/280: 1.8 - 2.0 | RIN ≥ 7.5 (必须电泳质检) |
| FFPE 石蜡包埋样本 | ≥ 10 片 (厚度 10 µm) | DV200 (大于200nt核酸片段比例) > 50% | - |
单细胞转录组测序 (scRNA-Seq) 能够在单个细胞层级解析基因表达量。HST GENOMICS单细胞实验平台搭载自主开发的 Helix-SC 微流控控制器，将分散细胞高速分配进微液滴中，通过高保真条码捕获并建立测序文库，帮助研究者在异质肿瘤细胞群、多级分化免疫亚群及发育微环境中，发现罕见新型细胞与分化过渡态。
1. 高精度聚类分群：应用 Seurat 与 Scanpy 算法进行质量控制、降维，渲染 UMAP 和 t-SNE 空间投影图。
2. 拟时序分化轨迹：通过 Monocle 等算法对细胞亚群 of 基因表达变化进行拟时序建模，勾勒细胞分化发育的轨迹图谱。
3. 交互客户端交互：数据打包直接交付 HST-Loupe 桌面可视化分析系统，无需代码即可一键筛选 Marker 基因、探索感兴趣的细胞亚群。
提供完整的单细胞质控报告（细胞数、平均 Reads 数、中位基因数/细胞）与降维渲染聚类图。
| 测序质控指标 | HST 交付标准 | 分析优势 |
|---|---|---|
| 单通道捕获细胞数 | 500 - 10,000 细胞 / 运行通道 | 适合高深度多组织批次大范围筛选 |
| 双细胞掺杂率 (Doublet Rate) | ≤ 0.8% / 1000 细胞 | 极低的多细胞聚团干扰，保障单细胞真实度 |
| 中位基因数/细胞 | ≥ 2,000 个基因 (基于人类细胞系标准) | 极佳的敏感度，防止低丰度转录因子漏检 |
单细胞测序必须保持高度的活性和纯净度，请确保送样符合以下极其严格的要求：
| 项目参数 | 细胞悬液质量承诺 | 具体操作建议 |
|---|---|---|
| 细胞存活率 (Cell Viability) | ≥ 85% (FDA/AO 双色荧光计复检) | 从组织解离到上机应在 2 小时以内进行，避免机械剪切和化学酶消 |
| 细胞悬液浓度 | 700 - 1200 细胞 / µL | 使用无血清无酚红悬液培养基保存，防止结团 |
| 碎片/杂质率 | 无碎片、无死细胞碎核和红细胞残留 | 必须使用 40µm 孔径的网筛进行二次过滤，必要时进行红细胞裂解 |