HST GENOMICS
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什么时候需要个性化

四类常见情况

场景一

实验设计不是简单的两组比较

时间序列、多因素、配对样本、批次与分组交叉，套用两组比较的默认流程，结论可能站不住。

您提供

  • 样本信息表（分组、时间点、批次、配对关系）
  • 原始数据或计数矩阵

我们怎么做

  • 先核对设计能否支持您的比较，再选统计模型（如似然比检验、混合模型、批次协变量）
  • 模型与对比写进方案，您确认后执行

您拿到

  • 按设计建模的差异结果与趋势聚类
  • 说明模型选择理由的方法学段落
场景二

标准流程跑完了，问题还没回答

拿到了差异基因和 UMAP，但您真正关心的是某个亚群、某条通路或某个处理效应。

您提供

  • 已有结果或原始数据
  • 您关心的细胞类型、基因或通路

我们怎么做

  • 围绕问题追加分析：亚群再聚类、拟时序、细胞通讯、基因集打分、转录因子活性等
  • 每项分析说明能支持和不能支持的结论

您拿到

  • 回答具体问题的图组与结果表
  • 图注与结果描述草稿
场景三

审稿意见要补分析、补图

审稿人要求换方法、补统计检验、做验证集或补充图，截止日期很近。

您提供

  • 审稿意见原文
  • 原分析的数据与结果（有代码更好）

我们怎么做

  • 逐条拆解审稿意见，标出哪些可以用分析回应、各需要多久
  • 按截止日期排优先级

您拿到

  • 补充图表与统计结果
  • 可放进回复信的分析说明
场景四

多来源、多组学数据要放在一起看

自有数据加公共数据库、转录组加蛋白或代谢组、不同平台或不同批次的数据需要整合。

您提供

  • 各组学数据及样本对应关系
  • 公共数据库编号（如 GEO、TCGA）

我们怎么做

  • 先评估各数据能否整合、批次效应多大，再定整合方法
  • 外部数据只作验证时，单独说明验证方式与局限

您拿到

  • 整合分析结果与跨组学关联图
  • 数据来源与处理记录
书面方案

方案里写什么

1 个工作日内发给您。确认后才开工；交付时对照它逐项核对。

研究问题
用一两句话写清这次分析要回答什么。
数据与设计核对
样本数、分组、批次、配对关系；设计能否支持每个比较，不能支持的写明原因。
分析步骤与参数
每一步用什么方法、关键阈值是多少、为什么这样选。
交付物清单
报告、每张图、每个结果表、代码与方法学段落，逐项列出。
周期
按工作日写区间，从数据到齐、方案确认起算。
价格与返修约定
按项目报价；交付后的答疑与返修范围写在这里。
示例方案

三份方案示例

示例方案 A

小鼠肝脏 bulk RNA-seq 时间序列

4 个时间点 × 3 个重复，想知道处理后哪些基因随时间变化、分几种模式。

  • 质控、比对与定量；样本相关与 PCA，确认无离群样本
  • 似然比检验找随时间变化的基因，替代逐对两两比较
  • 趋势聚类（按表达模式分组）与各簇富集
  • 关注基因的时间曲线图

常规 7–10 个工作日

示例方案 B

肿瘤单细胞 + 公共队列验证

已有 6 例肿瘤单细胞数据，关注 T 细胞亚群在治疗前后的变化，并想在公共队列中验证。

  • 样本整合与批次评估，注释到主要细胞类型
  • T 细胞再聚类、亚群标志基因、治疗前后比例与差异
  • 亚群特征基因集在公共队列（如 TCGA）中打分并做生存分析
  • 写明公共数据验证的局限

常规 15–20 个工作日

示例方案 C

审稿返修补充分析

审稿人要求校正批次后重做差异分析，补 GSEA 和诊断模型的 ROC 曲线，三周内回复。

  • 逐条拆解三条意见，确认数据能否支持
  • 批次作为协变量重做差异，比较前后结果变化
  • GSEA 与 ROC（含置信区间、交叉验证）
  • 可放进回复信的分析说明

常规 3–7 个工作日

以上为说明方案写法的示例，不是真实客户项目；实际周期与价格以书面方案为准。

输入、过程、输出

一张表看清合作过程

环节内容
数据fastq、bam、计数矩阵、Seurat/h5ad、Cell Ranger/Space Ranger 输出、质谱定量表、公共数据库编号
背景信息样本信息表、想回答的问题、关注的基因或通路、拟投期刊、截止日期
过程书面方案 → 您确认 → 分析执行 → 资深生信专家逐项审核 → 交付
交付报告、出版级图（PDF/SVG/PNG）、结果表（Excel/CSV）、可复现代码与参数、方法学段落
交付后结果答疑；返修补充分析按方案约定
常见问题

关于个性化分析

个性化分析比标准分析贵多少？
取决于追加的分析内容。我们会在方案里把标准部分和个性化部分分开列，您可以按需取舍。
我还不确定要做什么分析，可以先聊吗？
可以。把数据类型、样本设计和想回答的问题发来，我们在方案里给出建议的分析组合并说明理由。
别家已经分析过的数据能接着做吗？
可以。提供原始数据或中间结果，我们先复核已有结果，再在此基础上追加分析。
结论会不会被“做”出来？
不会按结论倒推分析。设计不支持的比较在方案阶段写明；结果不显著就如实报告，并说明可能的原因。
海外客户可以合作吗？
数据分析可以，数据在线传输、线上交付。

把问题和数据发给我们

1 个工作日内收到书面方案与报价。

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