✕
CN EN

蛋白质组与代谢组数据分析

适用于 DIA / DDA / TMT 定量蛋白质组、磷酸化等修饰组,以及 LC-MS / GC-MS 靶向与非靶向代谢组。我们从定量结果矩阵开始,也可以从原始谱图文件开始搜库。

标准分析内容

  • 搜库与定量(DIA-NN / MaxQuant / Spectronaut 输出),或直接使用定量矩阵
  • 缺失值处理、标准化、质控(CV 分布、相关性、PCA)
  • 差异蛋白 / 差异代谢物分析(含 FDR 校正),火山图、热图
  • GO / KEGG / Reactome 富集,代谢通路富集与通路图
  • 蛋白互作网络(STRING)与关键节点
  • 修饰位点定量与 motif 分析(修饰组)

可选进阶分析

  • WGCNA 与时间序列聚类
  • 蛋白-代谢物联合通路分析
  • 机器学习特征筛选与生物标志物候选(含交叉验证与局限说明)
  • 亚细胞定位与结构域注释
  • 与转录组数据的联合分析

您提供什么,拿到什么

您提供您拿到
原始谱图文件或定量结果矩阵质控报告与标准化后的定量矩阵
样本信息表:分组、批次差异分析与富集分析的表格与出版级图
检测平台与搜库参数说明(如有)网络分析文件(Cytoscape 可打开)

常规周期:7–12 个工作日(按标准分析内容计,复杂设计以书面分析方案为准);报价按项目,1 个工作日内回复。

这一类分析暂无公开示例;交付结构(报告、出版级图、结果表、代码、方法学段落)与示例报告一致,具体图表在书面方案里列明。

蛋白质组缺失值怎么处理?

按缺失类型区分:随机缺失用插补,低于检测限的缺失用最小值法,报告中写明选择及其对结果的影响。

非靶向代谢组的物质鉴定可靠吗?

我们区分鉴定等级(标准品比对、谱库匹配、仅分子式),报告中每个代谢物标明等级。

多组学联合分析

把同一批样本的两种或多种组学数据放在一起回答一个问题:转录组 + 蛋白组、转录组 + 代谢组、基因组 + 转录组、微生物组 + 代谢组、单细胞 + 空间等。先定问题,再定整合方法。

标准分析内容

  • 各组学数据的统一质控与样本匹配核对
  • 差异结果的层间对应(如差异基因与差异蛋白的一致性、九象限图)
  • 相关性分析与联合热图
  • 联合通路富集(多层数据映射到同一通路)
  • 关键分子筛选与可视化

可选进阶分析

  • 多组学因子分析(MOFA+)、DIABLO 等整合建模
  • 微生物-代谢物-宿主基因关联网络
  • 基因型-表达(eQTL)、表达-蛋白(pQTL)关联
  • 单细胞与空间数据联合定位
  • 多层网络与关键调控节点

您提供什么,拿到什么

您提供您拿到
各组学的原始数据或已完成的分析结果整合分析报告与联合图表(PDF/SVG/PNG)
样本对应表(同一样本在各组学中的编号)关键分子与通路表格
想回答的核心问题网络文件与分析代码

常规周期:15–25 个工作日(按标准分析内容计,复杂设计以书面分析方案为准);报价按项目,1 个工作日内回复。

这一类分析暂无公开示例;交付结构(报告、出版级图、结果表、代码、方法学段落)与示例报告一致,具体图表在书面方案里列明。

不同组学的样本不完全一一对应可以做吗?

可以,只对有交集的样本做整合,其余样本用于单组学分析;方案中会写明处理方式。

已有各组学的分析报告,只做整合部分可以吗?

可以。提供结果表格与样本对应关系即可。

公共数据挖掘 (GEO / TCGA / SRA / 单细胞数据库)

不做实验也能出结果:用公共数据库验证假设、筛选候选基因、补充审稿人要求的证据,或为标书提供预实验数据。

标准分析内容

  • 按研究问题检索与筛选合适数据集,给出入选理由
  • 数据下载、格式统一与批次评估
  • 差异表达、生存分析(KM 曲线、Cox 回归)、相关性分析
  • 预后模型构建与评估(LASSO、列线图、ROC)
  • 免疫浸润估计(CIBERSORT、ESTIMATE 等)与免疫相关分析
  • 多数据集交叉验证

可选进阶分析

  • 公共单细胞数据的重分析与亚群定位
  • 泛癌分析
  • 药物敏感性关联(GDSC、CTRP)
  • 孟德尔随机化
  • 与自有数据的联合验证

您提供什么,拿到什么

您提供您拿到
研究问题、目标基因或通路数据集清单与入选依据
已知的候选数据集编号(可选)出版级图表与结果表格
自有数据(可选,用于验证)分析代码与可复现流程

常规周期:5–10 个工作日(按标准分析内容计,复杂设计以书面分析方案为准);报价按项目,1 个工作日内回复。

这一类分析暂无公开示例;交付结构(报告、出版级图、结果表、代码、方法学段落)与示例报告一致,具体图表在书面方案里列明。

公共数据分析的结果可以直接发表吗?

可以作为论文的一部分,但审稿人通常要求实验验证;报告中会指出哪些结论需要验证。

怎么保证选用的数据集合适?

方案阶段先列出候选数据集及其样本量、平台和临床信息,由您确认后再分析。

个性化分析与文章返修

标准流程覆盖不了的需求:审稿人要求补的分析与图、已有结果的重新绘图、跨平台数据的再分析、按您的想法设计的专项分析。

标准分析内容

  • 审稿意见逐条对应:需要补的分析、补的图、补的统计
  • 已有结果的重绘与排版(按期刊格式要求)
  • 已有分析的复核:方法是否合适、结论是否被数据支持
  • 单项分析:例如只做富集、只做生存分析、只做某一张图
  • 分析方法的书面说明,用于回复审稿人

可选进阶分析

  • 跨批次 / 跨平台数据的合并再分析
  • 自定义统计模型与检验
  • 定制可视化(复杂组合图、环状图、桑基图等)
  • 已发表数据的复现与对比

您提供什么,拿到什么

您提供您拿到
审稿意见原文或具体需求描述逐条对应的补充分析结果与图
已有的数据、结果与图按需求整理的回复材料
原分析的方法与参数(如有)分析代码与方法学说明

常规周期:3–10 个工作日(按标准分析内容计,复杂设计以书面分析方案为准);报价按项目,1 个工作日内回复。

这一类分析暂无公开示例;交付结构(报告、出版级图、结果表、代码、方法学段落)与示例报告一致,具体图表在书面方案里列明。

只做一张图也接吗?

接。说明数据与要求,我们按项目报价。

返修有时间要求怎么办?

说明期刊的截止日期,方案中会写明可交付的时间;若来不及会在报价前告知。

说明您的数据类型和想回答的问题,1 个工作日内收到书面分析方案与报价。

提交分析需求