Alpha 多样性

Alpha 多样性描述单个样本内部的物种丰富度与均匀度。观测物种数、Chao1、ACE 反映丰富度（Chao1、ACE 用只出现 1 次、2 次的稀有物种估计未测到的物种）；Shannon、Simpson、逆 Simpson 同时受丰富度与均匀度影响；Pielou 只反映均匀度。

丰富度类指数受测序深度影响很大：各样本读数差别明显时，建议勾选「先抽平到相同测序深度」，或配合「稀释曲线」判断深度是否足够。抽平是随机的，固定随机种子可重复结果。

给出分组表时，对每个指数做 Kruskal–Wallis 检验，并给出两两比较（Dunn 检验或 Wilcoxon 秩和检验，多重检验校正）；图中只标出校正后 P < 0.05 的组对（* < 0.05，** < 0.01，*** < 0.001，**** < 0.0001）。

Good’s 覆盖度 = 1 − 单例物种数 / 总读数，接近 1 说明测序深度已覆盖大部分物种。

方法说明

指数定义与 scikit-bio diversity.alpha 一致：Shannon (1948)、Simpson (1949)、Pielou (1966)、Chao (1984) 偏差校正 Chao1、Chao & Lee (1992) ACE、Good (1953)。Kruskal–Wallis 与 scipy.stats.kruskal 一致，Dunn 检验与 scikit-posthocs posthoc_dunn 一致。

数据量

最多 50,000 个物种。