ANOSIM

ANOSIM 把所有样本两两之间的距离排秩，比较「组间」距离的平均秩与「组内」距离的平均秩：R = (r̄组间 − r̄组内) / (n(n − 1)/4)。R 接近 1 表示组间差异远大于组内差异，接近 0 表示分组没有区分度，负值表示组内差异反而更大。

P 值来自打乱分组标签的置换检验；固定随机种子可重复结果。组数 ≥ 3 时可做两两 ANOSIM 并做多重检验校正。

图为距离秩的分布：第一个箱为组间距离，其余为各组的组内距离。组间箱明显高于组内箱时 R 较大。

ANOSIM 同样受组内离散度差异影响；需要效应量（解释比例）时请同时使用 PERMANOVA。

方法说明

Clarke K. R. (1993) Australian Journal of Ecology 18:117–143。R 统计量与 scikit-bio anosim（R vegan anosim）一致；距离与 scipy.spatial.distance 一致。

数据量

样本数多于 1,000 时置换检验较慢。