最近区间

为每条 A 找距离最近的 B：两者重叠时距离为 0；不重叠时距离 = 间隔碱基数 + 1（首尾相接为 1）。A 所在染色体上没有 B 时，B 列为「.」、距离为 −1。

常见用法是「峰的最近基因」：选「相对 B 的链」，负值表示峰在基因 TSS 一侧的上游，正值表示在基因下游；没有链的 B 按参考坐标给符号。

勾选「忽略重叠的 B」可找不重叠的最近邻（如最近的另一个基因）；「方向限制」只在「相对 A 的链」或「参考坐标」时可用。

距离相同（例如两侧等距或同时重叠多个 B）时默认全部列出，因此行数可能多于 A；需要一对一时选「只取第一个」。

直方图只显示设定范围内的距离，用于查看是否集中在基因附近。

方法说明

二分查找左右最近邻；距离定义、正负号与并列规则与 BEDTools closest（-d / -D ref|a|b、-io、-t）一致（Quinlan & Hall 2010, Bioinformatics 26:841），已在相同输入上逐行核对。

数据量

在浏览器中处理；建议每个文件不超过约 50 MB。