基因组区间与注释 / 侧翼与启动子区
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「启动子」按链定位 TSS:+ 链取区间起点,− 链取终点;再向上游、下游各延伸设定长度。例如上游 2000、下游 0 即「TSS 上游 2 kb」,常用于启动子分析或作为峰注释的启动子定义。
「两侧侧翼」只取区间外侧、不含区间本身。按链方向时,「左侧」是上游(− 链在右边);可按区间长度的比例取(向下取整)。
结果在 0 和(提供长度文件时)染色体末端处截断;长度为 0 的侧翼不输出。其余列(名称、分值、链)保持原样。
输出可直接作为其他区间工具(交集、覆盖、最近区间)的输入。
侧翼规则与 BEDTools flank(-l/-r/-b/-s/-pct)一致;启动子区等同取 1 bp TSS 后按链 slop(Quinlan & Hall 2010, Bioinformatics 26:841),均已在相同输入上逐行核对。
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