BED 区间交集 / 差集

两个区间只要共享至少 1 个碱基就算重叠；坐标按 BED 约定（0 起始、终点不含），首尾相接不算重叠。

「成对列出」每一对重叠占一行，便于看每个 A 落在哪个 B 里；「有重叠的 A」「没有重叠的 A」常用于筛选落在 / 不落在某类区域（如基因、峰、黑名单）的区间；「计数」给出每条 A 重叠多少条 B。

「差集」去掉 A 中与 B 重叠的碱基，可能把一条 A 切成几段；选「整条去掉」则只要有重叠就删除该条。

最小重叠比例：0.5 表示重叠至少占 A（或 B）长度的一半；勾选「互惠」时 A、B 两边都须满足。按链比较时只匹配 + / − 明确的区间。

结果表可下载 CSV；下方的 BED 文本保留原始各列，可直接粘贴到下一个工具。

方法说明

区间重叠用按染色体排序的区间索引查找；输出格式与命中顺序与 BEDTools intersect / subtract 一致（Quinlan & Hall 2010, Bioinformatics 26:841），并已在相同输入上逐行核对。

数据量

在浏览器中处理；每个文件建议不超过约 50 MB（数十万条区间）。