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基因组区间与注释 / BED 合并

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怎么读

BED 合并

合并前会按染色体与起点排序;重叠或首尾相接(一个的终点等于下一个的起点)的区间合为一段,「合并距离」可把相距不远的区间也并在一起。

分链合并时,+ 链和 − 链分别合并,没有链信息的区间不参与;表格多一列链方向,BED 文本仍为三列加汇总列。

汇总列对每个合并区域内的原始记录计算:如对名称列「依次拼接」可看到合并了哪些基因,对分值列求「均值」「最大值」等。数值汇总忽略非数值。

柱状图显示每个合并区域包含多少条原始区间:大多为 1 说明区间彼此分散,较多的 ≥2 说明区间成簇。

方法说明

排序后单次扫描合并;汇总方式与数值格式(10 位有效数字)与 BEDTools merge 一致(Quinlan & Hall 2010, Bioinformatics 26:841),已在相同输入上逐行核对。

数据量

在浏览器中处理;建议不超过约 50 MB(数十万条区间)。

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