BED 排序与校验

先按染色体、再按起点从小到大排序；起点相同的保持原来的先后顺序。许多区间工具（如求最近区间、合并）要求输入已排序。

「字母序」与命令行 sort -k1,1 一致（chr10 排在 chr2 前）；「自然序」把数字部分按大小排；也可按染色体长度文件（.fai）中的顺序排，以便与参考基因组一致。

校验报告列出：格式错误的行（列数不足、坐标不是整数、终点小于起点）、长度为 0 的区间、完全重复的区间、与前一条重叠的条数，以及（提供长度文件时）超出染色体末端或不在文件中的染色体。

柱状图为各染色体上的区间数；排序结果可下载 CSV 或复制 BED 文本。

方法说明

稳定排序（染色体、起点）；与 BEDTools sort（Quinlan & Hall 2010, Bioinformatics 26:841）及 sort -k1,1V -k2,2n 的结果逐行核对一致（起点相同的记录参考工具顺序不固定，按组比较）。

数据量

在浏览器中处理；建议不超过约 50 MB。