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序列工具 / 密码子使用

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怎么读

密码子使用

表中每行一个密码子:count 为出现次数,per_thousand 为每千个密码子中的频次,fraction 为它在编码同一氨基酸的同义密码子中所占比例。

RSCU(相对同义密码子使用度)= 实际次数 ÷ 同义密码子平均次数:等于 1 表示无偏好,大于 1 为偏好、小于 0.5 通常视为少用(稀有)密码子。

高表达基因(如核糖体蛋白基因)的偏好通常比全基因组更强;做异源表达时,可以对照目标宿主的偏好优化密码子。

请输入已知读框的 CDS(从起始密码子开始);含内部终止或长度不是 3 的倍数的序列会在提示中列出。GC3 为第三位的 GC 含量。

方法说明

RSCU:Sharp & Li 1986(Nucleic Acids Res 14:7737);Sharp & Li 1987 密码子适应指数(Nucleic Acids Res 15:1281)。

数据量

多条序列合并统计;在浏览器中处理,建议不超过约 50 MB。

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