基础绘图 / 表达分布气泡图
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每个点是一个「分组 × 基因」:点的大小是该组中表达这个基因的细胞比例(表达量大于阈值),颜色是平均表达量。
颜色默认按每个基因跨组做 z 分数,只比较同一基因在不同组之间的高低;不同基因之间的颜色不可直接比较。
平均表达可以按全部细胞计算(同时反映比例与强度,常用做法),也可只按表达的细胞计算(只反映表达强度)。
输入应是归一化后的表达值(如 log1p(CP10k));原始计数会让测序深度不同的细胞失去可比性。比例很低的点可用「不画点」阈值隐藏。
表达比例 = 表达量 > 阈值的细胞数 / 该组细胞数;平均表达为算术均值(与常见单细胞点图的默认做法一致);z 分数使用样本标准差(n − 1)。
最多 150 个基因、200 个分组。