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序列工具 / 序列长度统计

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怎么读

序列长度统计

摘要条给出序列条数、总长、N50、平均长度与合并 GC%;「总体统计」表另含最短/最长、中位数、L50、N75、N90 和 N 碱基比例。

N50 的意思是:把序列按长度从长到短累加,累计长度第一次达到总长一半时那条序列的长度;L50 是此时用到的条数。N50 越大,组装越连续。

GC% 只按 A/C/G/T(U)/S/W 计算,N 与其他模糊碱基不进分母,与常用工具一致。

直方图显示长度(与每条 GC%)的分布,可调整分箱数;逐条表可下载后用于筛选或作图。蛋白序列只统计长度。

方法说明

N50/L50 采用组装评估的通用定义(Gurevich et al. 2013, Bioinformatics 29:1072,QUAST);GC 计算语义与 Biopython gc_fraction 一致。

数据量

在浏览器中处理,建议不超过约 100 MB 序列。

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