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变异与 FASTQ / FASTQ / FASTA 转换与抽样

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怎么读

FASTQ / FASTA 转换与抽样

处理顺序:先按固定长度切除两端,再从 3′ 端逐个去掉质量低于阈值的碱基(遇到达到阈值的碱基即停),然后按长度、平均质量与 N 个数过滤,最后随机抽样并输出。

按比例抽样时每条读段以该概率独立保留;按条数抽样用蓄水池法抽取恰好 N 条并保持原顺序。固定随机种子可得到相同结果;双端数据请对两个文件用相同参数与种子,并在过滤后核对配对。

质量编码(Phred+33 或 Phred+64)自动识别;输出 FASTA 时标题行保留原始 ID 与描述。

结果文本可复制或下载;直方图对比处理前后的读长分布,表格列出每一步去掉的读段数。

方法说明

修剪与过滤为常用读段预处理步骤(参照 Chen et al. 2018, Bioinformatics 34:i884);抽样用蓄水池算法(Vitter 1985, ACM TOMS 11:37)与固定种子伪随机数,输出已与独立 Python 参考逐字节一致。

数据量

在浏览器中处理,未压缩 FASTQ 最大约 200 MB;暂不支持直接读取 .gz 压缩文件。

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