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差异与检验 / Fisher 精确检验

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怎么读

Fisher 精确检验

Fisher 精确检验用于 2×2 列联表,P 值由超几何分布精确计算,不依赖大样本近似;格子计数小(期望值 < 5)时应优先于卡方检验。

表格四格记为 a b / c d(第一行、第二行);优势比 > 1 表示第一行落在第一列的几率更高。类别顺序默认按字母排序,可在「类别顺序」中指定(行变量与列变量用分号隔开)。

优势比给两种:条件最大似然估计及其精确置信区间(与常用统计软件的 Fisher 检验一致),以及样本优势比 ad/bc 及其 Woolf(对数正态近似)区间。

批量模式:每行一个 2×2 表(如多个基因或变异位点的携带者计数),逐行检验并做多重检验校正,图为 log2 优势比对 −log10 P。

方法说明

Fisher R. A. (1922) J R Stat Soc 85:87–94;Cornfield J. (1956)(精确区间);Woolf B. (1955) Ann Hum Genet 19:251–253。P 与 scipy.stats.fisher_exact 一致;优势比及区间与 scipy.stats.contingency.odds_ratio(conditional / sample)一致。

数据量

原始数据最多 200,000 行;批量模式最多 200,000 个 2×2 表。

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