GSEA（预排序）

GSEA 不设显著性阈值，而是看一个基因集的成员是否集中在排序列表的顶端（正向富集，NES > 0）或底端（负向富集，NES < 0）。排序指标应带方向，如 Wald 统计量或 t 值；请上传全部检测到的基因。

富集曲线：上图为游走富集分数，峰值即 ES；中间竖线为基因集成员在列表中的位置；下图为排序指标。领头基因（leading edge）是峰值之前（负向时为之后）的成员，常是驱动富集的核心基因。

NES 把 ES 按基因集大小标准化，便于比较；名义 P 与 FDR 来自基因集置换（随机抽取同样大小的基因集），会随随机种子有轻微变化。常用 FDR < 0.25 作为探索性阈值。名义 P = 0 表示小于 1/置换次数。

计算较重：修改参数后请点「运行」。

方法说明

Subramanian A. 等 (2005) PNAS 102:15545–15550；Mootha V. K. 等 (2003) Nat Genet 34:267–273。ES 为加权 Kolmogorov–Smirnov 游走统计量（精确计算）；NES、名义 P 与 FDR 采用基因集置换，按 GSEA 的定义计算。示例基因集：Liberzon A. 等 (2015) Cell Systems 1:417–425。

数据量

最多 60,000 个基因；1,000 次置换、50 个基因集在浏览器中约需数秒。