微生物与多组学 / 差异物种条形图
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每个物种(或合并后的分类单元)先换算为相对丰度,再用 Kruskal–Wallis 检验比较各组;多于两组时,默认还要求「富集组」(平均丰度最高的组)与其余每一组的两两 Wilcoxon 秩和检验都显著,这样筛出的是某一组特有地升高的物种。
条形长度是效应量:富集组平均相对丰度与其余组平均值之比的 log2(加 0.0001% 伪计数避免除以 0),颜色表示富集组。只有两组时,条形向两侧展开:向右为第二组更高,向左为第一组更高。
本工具的效应量是对数倍数比,并非 LEfSe 的 LDA 得分;两者筛选思路相近但数值不可直接比较。结果表包含所有被检验物种的均值、统计量、P 值与校正 P 值,可供您按自己的标准再筛选。
低丰度物种的检验效能很低,且容易受个别样本影响,默认只检验平均相对丰度 ≥ 0.1% 的物种。
Kruskal–Wallis 与 Wilcoxon 秩和检验与 scipy.stats.kruskal / mannwhitneyu 一致,多重检验校正与 R p.adjust 一致。筛选思路参照 Segata N. 等 (2011) Genome Biology 12:R60,但效应量为 log2 均值比而非 LDA 得分。
最多 50,000 个物种。