motif / 位点查找

在序列中查找与模体匹配的所有位点。核酸模体按 IUPAC 简并码展开（R = A/G、Y = C/T、N = 任意等），默认正负链都搜，负链命中的坐标换算到正链（1 起、含两端）。

图为命中位置沿序列的分布（多条序列时为每条的命中数），可看出位点是否成簇。

「观测/期望」按输入序列的碱基组成估算随机期望命中数：明显大于 1 说明该模体被富集（如大肠杆菌基因组中的 Chi 位点），接近 1 则与随机相当。回文模体（如 GATC）两条链命中同一位置只算一次。

需要更灵活的写法时可选「正则表达式」，此时按原样匹配，不做 IUPAC 展开，也不计算期望值。

方法说明

IUPAC-IUB 简并代码（Cornish-Bowden 1985）；期望值采用独立碱基（零阶马尔可夫）模型。Chi 位点见 Smith 2012（Microbiol Mol Biol Rev 76:217）。

数据量

单条序列最长 50 Mb；最多保留 200,000 个命中。