进化树（NJ）

邻接法（NJ）根据两两距离逐步合并最近的分支，得到一棵近似最小进化树；枝长代表估计的替换数（核酸为每位点替换数）。

树本身是无根的；勾选「中点置根」时把根放在最远两个叶子路径的中点，便于阅读，但不等于真实祖先位置。有外群时请以外群判断方向。

距离模型：p 距离为简单差异比例；JC69 与 K2P 校正多重替换（K2P 区分转换与颠换）；蛋白默认 Poisson 校正。差异过大时校正距离会饱和、无法计算。

本工具不做自展检验（bootstrap），分支可信度需另行评估；结果的 Newick 可复制到「进化树绘制」工具中着色美化。

方法说明

邻接法：Saitou & Nei 1987（Mol Biol Evol 4:406）；Studier & Keppler 1988；JC69：Jukes & Cantor 1969；K2P：Kimura 1980（J Mol Evol 16:111）。拓扑与枝长与 Biopython DistanceTreeConstructor.nj 一致。

数据量

需比对时最多 50 条、每条 2,000 以内；直接给比对或距离矩阵时最多 500 个分类单元。