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微生物与多组学 / 多组学相关网络热图

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怎么读

多组学相关网络热图

把两份按样本配对的数据(例如菌群丰度与代谢物或环境因子)放在一起看相关:网络中每个节点是一个变量,按组学着色;边表示满足阈值的相关:蓝色为负相关,灰色为正相关,越粗 |r| 越大;完整的 r 与 P 见结果表。

下方热图依次为组间相关矩阵(组学 1 × 组学 2)以及两个组学各自内部的相关矩阵;行列顺序按相关性做平均连锁聚类排列,便于看出成块相关的变量。

Spearman 与 Kendall 基于秩,对离群值和非线性单调关系更稳健,是丰度数据的常用选择;P 值在「组间」「组学 1 内」「组学 2 内」三类比较中分别做多重检验校正。

样本数少时,|r| 很大也可能不显著;相关不代表因果。变量很多时可只取方差最大的前 N 个变量。只上传一份表时,只分析组内相关。

方法说明

相关系数与 P 值与 scipy.stats.spearmanr / pearsonr / kendalltau 一致(成对完整观测),多重检验校正与 R p.adjust 一致。

数据量

每份表最多 5,000 个样本;变量多于 200 个时建议只取前 N 个。

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