富集分析（自备注释表）

把您的目标基因列表（如差异基因）与基因集逐一比较：若某基因集中的目标基因比随机抽取预期的多，即为富集。基因集可用 GMT 文件，也可用您自己的「基因–条目」注释表（GO、通路、自定义分类均可）。

背景很关键：请提供实验中实际检测到的全部基因作为背景，否则低表达、未检测的基因也会被当作「可能被选中」，P 值会偏小。默认背景取「背景列表中有注释的基因」，与常用富集软件一致；也可改为整个背景列表。

结果表中 k 为重叠基因数，n 为参与检验的目标基因数，K 为基因集在背景中的大小，N 为背景大小；基因比例 = k/n，富集倍数 = (k/n)/(K/N)。只有与目标基因有重叠的基因集参与多重检验校正。

富集显著只说明统计上的过代表性，不代表通路被激活或抑制；方向请结合基因的上调、下调（如 z-score 富集气泡图）判断。

方法说明

单侧超几何检验 P = P(X ≥ k)，与 scipy.stats.hypergeom.sf(k − 1, N, K, n) 及 Fisher 精确检验（单侧）一致；Benjamini & Hochberg (1995) J R Stat Soc B 57:289–300。示例基因集：Liberzon A. 等 (2015) Cell Systems 1:417–425。

数据量

注释表最多 500,000 行。