差异与检验 / 多重检验校正
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同时做很多检验(如上万个基因)时,按 P < 0.05 判断会产生大量假阳性,需要校正。
Benjamini–Hochberg 控制错误发现率(FDR),是组学中最常用的方法;Benjamini–Yekutieli 在检验间任意相关时仍有效但更保守;Bonferroni、Holm、Hochberg 控制族错误率(至少一个假阳性的概率),更严格。
P 值缺失(NA)的行保留在结果中、校正值也为缺失,并且不计入检验总数 m(与 R 的 p.adjust 默认一致);如果缺失本身代表「未检验」,这正是需要的处理。
直方图显示原始与校正后 P 值的分布:原始 P 值在 0 附近有尖峰、其余平坦,说明存在真实信号;整体向 1 偏斜则提示检验假设可能不成立。
Benjamini Y. & Hochberg Y. (1995) J R Stat Soc B 57:289–300;Benjamini Y. & Yekutieli D. (2001) Ann Stat 29:1165–1188;Holm S. (1979) Scand J Stat 6:65–70;Hochberg Y. (1988) Biometrika 75:800–802。结果与 R p.adjust 及 statsmodels multipletests 一致。
最多 500,000 行。