两序列比对

全局比对（Needleman–Wunsch）从头到尾对齐两条序列，适合长度相近、整体同源的序列；局部比对（Smith–Waterman）只找得分最高的相似片段，适合在长序列中找结构域或短片段。

文本结果中，「|」表示相同，「:」表示打分为正的相似替换（蛋白中性质相近的氨基酸），「.」为错配，空格对应缺口；行首、行尾数字为该行在原序列中的起止位置。

一致性 = 相同位置数 ÷ 比对长度（含缺口）。得分依赖打分矩阵和缺口罚分，只在相同参数下可比。默认参数（核酸 EDNAFULL、蛋白 BLOSUM62，缺口开放 10、延伸 0.5）与常用比对工具一致。

长度为 L 的缺口罚分 = 开放罚分 + (L − 1) × 延伸罚分；末端缺口同样计罚。

方法说明

Needleman & Wunsch 1970（J Mol Biol 48:443）；Smith & Waterman 1981（J Mol Biol 147:195）；仿射缺口 Gotoh 1982（J Mol Biol 162:705）；BLOSUM62：Henikoff & Henikoff 1992（PNAS 89:10915）。得分与 Biopython PairwiseAligner 一致。

数据量

每条最长 10,000 nt/aa。