基因组区间与注释 / 峰注释
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每个峰按优先级归入一类:启动子(任一转录本 TSS 上游、下游设定范围内)> 外显子 > 内含子(在基因内但不在外显子)> 基因间区。默认按峰中点归类,也可改为「任何重叠」。
最近基因按峰中点到各基因 TSS(+ 链取起点、− 链取终点)的距离确定;距离按基因方向给出,负值表示峰位于 TSS 上游。「overlapping_genes」列出与所归类区域重叠的基因。
饼图为四类区域的比例;柱状图为到最近 TSS 的距离分布。转录因子或组蛋白活性标记的峰通常集中在 TSS 附近,基因间区比例高时可能代表远端调控元件。
没有外显子注释的基因(如细菌注释只有 CDS)以 CDS(或基因全长)当作外显子。峰与注释的染色体命名须一致。
基因组区域优先级归类与最近 TSS 距离的做法参考 Yu et al. 2015(Bioinformatics 31:2382)与 Heinz et al. 2010(Mol Cell 38:576);结果已与独立的 Python 参考实现逐行核对。
在浏览器中处理;建议峰不超过约 50 万个,注释文件不超过约 100 MB。