✕
CN EN

基因组区间与注释 / 峰注释

数据只在您的浏览器里处理:文件在本机读取和计算,不会上传到任何服务器,关闭页面即清除。免登录、免费使用。

怎么读

峰注释

每个峰按优先级归入一类:启动子(任一转录本 TSS 上游、下游设定范围内)> 外显子 > 内含子(在基因内但不在外显子)> 基因间区。默认按峰中点归类,也可改为「任何重叠」。

最近基因按峰中点到各基因 TSS(+ 链取起点、− 链取终点)的距离确定;距离按基因方向给出,负值表示峰位于 TSS 上游。「overlapping_genes」列出与所归类区域重叠的基因。

饼图为四类区域的比例;柱状图为到最近 TSS 的距离分布。转录因子或组蛋白活性标记的峰通常集中在 TSS 附近,基因间区比例高时可能代表远端调控元件。

没有外显子注释的基因(如细菌注释只有 CDS)以 CDS(或基因全长)当作外显子。峰与注释的染色体命名须一致。

方法说明

基因组区域优先级归类与最近 TSS 距离的做法参考 Yu et al. 2015(Bioinformatics 31:2382)与 Heinz et al. 2010(Mol Cell 38:576);结果已与独立的 Python 参考实现逐行核对。

数据量

在浏览器中处理;建议峰不超过约 50 万个,注释文件不超过约 100 MB。

需要完整分析?

把数据和研究问题发给我们,1 个工作日内收到书面方案:分析步骤、参数理由、交付物与周期写清楚,按项目报价。