PERMANOVA（adonis）

PERMANOVA（又称 adonis）检验各组样本在多元距离上的中心是否不同。R² 是分组解释的距离变异比例，伪 F 为组间与组内均方之比，P 值来自打乱分组标签的置换检验（P = (1 + 不小于观测 F 的次数) / (1 + 置换次数)）。

可以直接上传丰度表（选择转换和距离），也可以上传您已经算好的距离矩阵（例如 UniFrac）。只在分组表中出现的样本参与检验。

置换检验是随机的：固定随机种子可重复结果；次数越多，P 值越精确（999 次时最小 P = 0.001）。组数 ≥ 3 时可做两两 PERMANOVA 并做多重检验校正。

PERMANOVA 对组内离散度差异敏感：若某组样本特别分散，即使中心相同也可能显著，请结合 PCoA 图判断。图为同一距离矩阵的 PCoA，椭圆为各组 95% 置信椭圆。

方法说明

Anderson M. J. (2001) Austral Ecology 26:32–46。伪 F 与 R² 与 scikit-bio permanova（R vegan adonis2 单因素）一致；距离与 scipy.spatial.distance 一致。

数据量

样本数多于 1,000 时置换检验较慢。