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差异与检验 / 四象限 / 九象限图

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怎么读

四象限 / 九象限图

每个点是一个基因,横轴和纵轴分别是两个比较(如转录组与蛋白组)的 log2 倍数变化;虚线为两边的阈值。

九象限:每个轴分为上调 / 不变 / 下调,组合出 9 类(如 up/ns 表示只在横轴比较中上调);四象限:只看两边都变化的基因,按方向分为同向上调、同向下调和两类反向。四个角标出对应象限的基因数,左上角同时给出 Pearson r。

提供了 P 值列时,「变化」要求同时满足校正 P 与倍数阈值;否则只看倍数。

同向变化的基因(右上、左下)在两个层面一致,常作为优先候选;反向变化的基因可能提示转录后调控。相关系数基于全部基因。

方法说明

相关系数与 P 值与 scipy.stats.pearsonr / spearmanr 一致(Pearson 置信区间为 Fisher z 变换)。作图不重新计算差异。

数据量

最多 200,000 个基因。

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