SAM flag 解读

SAM/BAM 第 2 列的 flag 是 12 个二进制位之和，每一位表示一种状态（双端、正确配对、未比对、负链、R1/R2、次要比对、重复、补充比对等）。表格把每个 flag 拆成各位并给出中文含义与归类。

常见值：99/147、83/163 是正确配对的一对读段（分别为 R1 正链/R2 负链、R1 负链/R2 正链）；77/141 为两条都未比对；带 256 为次要比对，带 2048 为补充比对（嵌合或跨越结构变异的读段）。

粘贴整份 SAM 或计数表时，摘要给出主比对的比对率、正确配对率与重复率（与 samtools flagstat 的口径一致，不计次要与补充比对）。

勾选下方各位可反过来编码出 flag 值，便于写 samtools view -f / -F 过滤条件。

方法说明

SAM 格式规范（SAM/BAM Format Specification v1.6，第 1.4 节）；Li et al. 2009（Bioinformatics 25:2078）。

数据量

粘贴 SAM 记录时建议不超过约 100 万行；大文件请先用 samtools 统计 flag。