VCF 过滤

上面的快捷条件（最低 QUAL、最低 INFO/DP、类型、PASS、区域）总是用于「保留」；表达式可选择保留（-i）或去掉（-e）满足的位点，两者同时生效。

表达式写法与 bcftools 相同，例如 QUAL>=30 && INFO/DP>=10、TYPE="snp"、FMT/DP>20 & GT="het"（同一样本同时满足）、ANN~"missense"（正则匹配注释）。多值字段（如 DP4、AF）任一值满足即算满足，可用 DP4[2] 取单个值（从 0 开始）。

区域按 POS 是否落在区间内判断（1 起始、闭区间）；多个区域用逗号分隔，只写染色体名表示整条。

结果给出过滤后的 VCF 文本（头部原样保留，并加一行记录过滤条件）可复制或下载，以及保留位点的简表；直方图对比保留与去掉位点的 QUAL 分布。

方法说明

表达式语义对齐 bcftools view -i/-e/-t（Danecek et al. 2021, GigaScience 10:giab008），已用 37 个表达式与区域组合逐位点对数一致。

数据量

在浏览器中处理，建议不超过约 100 MB 的未压缩 VCF。bcftools 中不支持的写法（如省略 INFO/ 时与 FORMAT 同名的字段）这里按 INFO 处理。