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集合与关系 / 韦恩图

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怎么读

韦恩图

每个圆(或椭圆)是一个集合,区域里的数字是只属于这些集合、不属于其他集合的元素数(互斥计数);括号里是集合总大小。

「区域元素表」列出每个区域的具体元素,可直接用于后续分析;「元素归属矩阵」给出每个元素属于哪些集合。

Jaccard 指数 = 交集 / 并集,重叠系数 = 交集 / 较小集合的大小,用来比较不同大小集合的相似程度。

给出背景总数 N(例如检测到的全部基因数)后,会用超几何分布检验两两重叠是否多于随机预期,并做 BH 校正。4 个以上集合时形状无法按比例,集合更多请用 UpSet 图。

方法说明

两两重叠检验:超几何分布上尾概率 P(X ≥ k),X ~ Hypergeom(N, |A|, |B|)(等价于单侧 Fisher 精确检验);BH 校正(Benjamini & Hochberg 1995)。4–6 个集合使用固定的对称椭圆布局。

数据量

2–6 个集合,每个集合最多 200,000 项。

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