功能富集 / z-score 富集气泡图
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普通富集只说明某通路「有很多差异基因」,不说明它整体是上调还是下调。z-score = (上调基因数 − 下调基因数) / √基因数:大于 0 表示上调基因占多数,小于 0 表示下调为主。
每个气泡是一个条目:横轴 z-score,纵轴 −log10 P(越高越显著),气泡越大命中基因越多。虚线为 P 阈值参考线。
上调 / 下调按差异基因表中 log2FC 的正负判定;条目基因在差异表中找不到的不计入,结果表里列出了找不到的个数。
z-score 是粗略的方向指标,不是统计检验;基因数很少时(如 3–5 个)方向不稳定。
z-score = (up − down)/√count,定义同 Walter W., Sánchez-Cabo F. & Ricote M. (2015) Bioinformatics 31:2912–2914(GOplot)。示例基因集:Liberzon A. 等 (2015) Cell Systems 1:417–425。