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序列工具 / CDS 转蛋白 / ORF 查找

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怎么读

CDS 转蛋白 / ORF 查找

「按 CDS 翻译」从第一个碱基起读,适合已知编码区;表格会检查长度是否为 3 的倍数、起始/终止密码子与内部终止,帮您发现读框或注释错误。

「六框翻译」给出正负链各三个读框的蛋白序列,* 表示终止密码子;最长无终止片段通常提示真正的编码框。

「ORF 查找」在六个读框中寻找从起始密码子到终止密码子的开放读框,坐标统一换算到正链(1 起、含终止密码子);同一终止密码子只报告最长的那个 ORF。图中每行一个读框,色块为 ORF。

细菌、古菌与质体请选 11 号表,脊椎动物线粒体请选 2 号表;按 CDS 翻译时,GTG/TTG 等替代起始密码子会按甲硫氨酸(M)输出。

方法说明

遗传密码表采用 NCBI 编号(Elzanowski & Ostell, NCBI Genetic Codes);翻译结果与 Biopython Seq.translate 一致。

数据量

ORF 查找建议单条不超过约 10 Mb;图中最多画 20 条序列。

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